27 марта 1862 года Елизавета Алексеевна Ушакова стала игуменией Марией и приняла игуменский жезл. Сбылись слова преп. Серафима Саровского, сказанные сестре Матрене Петровой: «Запомни, матушка, – говорил он, – у вас на 12-й начальнице устоится монастырь!».

День возведения в сан игумении Марии совпал со днем ее поступления в обитель и днем празднования иконы Феодоровской Божией Матери, которой она была благословлена родителем ее при поступлении в обитель, как иконой древнеродовой в семействе Ушаковых, из рода которых она происходит.

Благодаря неусыпным трудам и великой самоотверженности игумении Марии наладилось благосостояние обители. Ее стараниями приобретены были лесные и земельные участки, возведены многие монастырские постройки, устроен кирпичный завод, возросло монастырское стадо, увеличились урожаи.

Но особой заботой матушки Марии было окружено строительство Троицкого собора. Игумения Мария долгие годы ждала прославления батюшки Серафима. Дожила она до великих торжеств: и обретение святых мощей, и канонизация святого, и приезд Царской семьи в Дивеево – всё это было при ней. Левый придел Троицкого собора был освящен во имя преп. Серафима Саровского на следующий день после его прославления.

При игумении Марии монастырь достиг наибольшего расцвета, число сестер достигло 1600 человек. Матушка ничего не предпринимала, не посоветовавшись с блаженной Пелагией Ивановной, а после ее кончины в 1884 году – с блаженной Прасковьей Ивановной.

Игумения Мария управляла Серафимо-Дивеевским монастырем в течение 42 лет.