Санаксарский мужской монастырь был основан в 1659 году, но через несколько десятилетий запустел и его причислили к Саровской пустыни. Возобновление Санаксарской обители началось ровно через сто лет, когда в нее пришел монах Саровской пустыни Феодор (Ушаков). Вместе с ним по именному указу Императрицы Елисаветы Петровны в Санаксар прибыли и были пострижены двенадцать гвардейцев из Петербурга. Началось строительство монастыря. Была выстроена двухэтажная соборная церковь с двумя престолами – в честь Рождества Богородицы и Усекновения главы Иоанна Предтечи.
Старец завел в обители самую первую и прочную основу иночества: личное руководительство братией и полное откровение помыслов. Пища была самая грубая. На монастырские послушания – покос, рыбную ловлю – выходили все, во главе с настоятелем.
Когда отца Феодора сослали на Соловки, монастырь возглавляли его ученики из числа петербургских гвардейцев. При них монастырь продолжал строиться и расширяться и приобрел тот вид, который имеет поныне. Санаксар выстроен как крепость: монастырскую стену образуют жилые корпуса, в центре стоит соборный храм, над святыми вратами высится колокольня. «Словарь географический Российского государства» (1807 г.) писал, что Санаксарский монастырь «есть знатнейший из всех в той стране, как по заведению в нем строгой монашествующих общежительной жизни, так и по отличному вкусу строения своего и прекрасному местоположению».
Преподобный Феодор Санаксарский был похоронен слева от собора. Через несколько лет рядом с ним упокоился его племянник – адмирал Федор Федорович Ушаков, прославленный в сонме святых как праведный Феодор Непобедимый. Уйдя в отставку, последние годы своей жизни он провел в своем имении в селе Алексеевке, недалеко от монастыря. Великим постом он обыкновенно жил в монастыре, постился и причащался; жертвовал обители значительные средства, помогал бедным и нищим. Ныне святые мощи двух Феодоров – монаха и моряка – почивают в храме Усекновения главы Иоанна Крестителя. Здесь же — мощи последнего Санаксарского настоятеля – архимандрита Александра (Уродова), который прославлен в сонме новомучеников Российских как преподобноисповедник. Рядом с монастырем, в чудесном сосновом лесу находится источник святого преподобного Феодора Санаксарского.